КРАСИМИРА ЗАХАРИЕВА: НАУЧНА ИНФОРМАЦИЯ: Прилагане на omics и биоинформатичните подходи: стъпка към следващото поколение оценка на риска
До 2030 г. се очаква ЕОБХ рутинно да прилага omics и свързаните с него биоинформатични подходи в съответните оценки на риска, което ще даде възможност за по-задълбочен анализ на хранителната верига и ще засили използването на данните. Това ще подкрепи прехода към оценката на риска за безопасност на храните от следващо поколение, която ще бъде по-икономична, автоматизирана и основана на механизмите, които стоят зад неблагоприятните ефекти, като значително ще подобри способността да сe оценяват опасностите и рисковете, свързани с храните/фуражите.
Както е посочено в стратегията на ЕС „От фермата до трапезата“, използването на иновативни технологии в регулаторната наука е от решаващо значение за прехода към устойчиви продоволствени системи. Иновативните и развиващите се технологии/методи, като например някои от подходите, основани на omics (напр. геномика и свързаните с тях биоинформатични инструменти), все повече се прилагат в регулаторната наука, докато няколко други (напр. транскриптомика, протеомика, метагеномика, епигеномика, метаболомика, експозомика) едва ли са били използвани в регулаторен контекст. Въз основа на съществуващите знания, като например заключенията от Глобалната среща на високо равнище по регулаторни науки през 2015 г. („регулаторна биоинформатика“) и колоквиума на ЕОБХ от 2018 г. относно omics, тези технологии имат потенциала да представят нови доказателства при оценките на риска от храни/фуражи от следващо поколение и да допринесат за готовността на ЕОБХ за бъдещето при предоставянето на подходящи за целта научни доказателства.
Ясен пример за успешно внедряване на omics в оценката на риска е използването на геномни данни от целогеномно секвениране (WGS). Данните от WGS се използват за изследвания на огнища и за мониторинг на антимикробната резистентност (АМР), а изискванията за данни на WGS са включени в документите на ЕОБХ относно риска, напр. за микроорганизми, използвани като фуражни добавки или като производствени организми, и микроорганизми, използвани за производството на хранителни ензими. Прилагането на други omics технологии (напр. метаболомика, протеомика, епигеномика) ще помогне да се избегне използването само на традиционни тестове (като например изследвания за токсичност или анализ на състава на храните и фуражите) и ще се извлече полза от разбирането на механизмите, които стоят зад неблагоприятните ефекти или промените в състава (напр. в нови храни или синтетични биологични продукти от бъдещо поколение). Въпреки това са известни редица предизвикателства и неясноти по отношение на хармонизирането и широкото включване на няколко omics технологии и свързаните с тях подходи в областта на биоинформатиката в рутинните оценки на риска, включително създаването и прилагането на подходящи за целта валидирани системи/процедури за осигуряване на качеството. Тези предизвикателства са свързани главно с i) генерирането на данни (включително качеството и възпроизводимостта); II) събиране и съхранение на данни; III) прилагане на надеждни биоинформатични аналитични инструменти и тяхното валидиране; IV) прилагане на принципите FAIR по отношение на данните; V) тълкуване на резултатите, изграждане на доверие в регулационните механизми.
Обхват и цели
ЕОБХ, в сътрудничество с други европейски и международни институции, планира използването на omics технологиите и биоинформационните подходи в подкрепа на оценката на риска от следващо поколение. Технологиите omics се отнасят до експерименталните подходи за колективно характеризиране и количествено определяне на биологичните данни за целите на оценката на риска, докато биоинформатиката се отнася до методите и софтуерните инструменти за събиране, съхраняване, обработка, анализ, извличане и интегриране на omics или други видове качествени и количествени биологични масиви от данни (напр. клинични данни, молекулярни анализи с ниска производителност, други модели като IVIVE — in vitro/in vivo екстраполация, епидемиологични данни).
Основната цел е да се насърчават и широко да се интегрират тези подходи в регулаторните науки в областта на храните, за да се предоставят по-подходящи за целта и по-бързи научни консултации, като се предоставят на оценителите на риска необходимите знания и инструменти за ефективно справяне с настоящите предизвикателства, свързани с оценката на риска, и за гарантиране на готовността за бъдещи такива.
На този етап е силно препоръчително да се идентифицират начините за прилагане на omics и биоинформатиката като стандартни подходи при оценката на риска.
Конкретните цели включват:
- Повишаване на капацитета и способността за изготвяне на по-прецизни и всеобхватни, основаващи се на конкретни механизми научни становища;
- Консолидиране на omics и биоинформатичните подходи в процесите на оценка на риска в няколко научни области на ЕОБХ;
- Използване на нови методики с висока производителност и големи количества обществено достъпни големи информационни масиви от данни за преодоляване на пропуските в знанията при оценката на риска;
- Насърчаване на ангажираността на заинтересованите страни и заявителите чрез прилагане на методики за оценка на риска, като се използват общи и съгласувани биоинформатични инструменти с отворен код/с отворен достъп;
- Улесняване на сътрудничеството за споделяне на данни/информация чрез партньорства.