Центърът се ръководи и представлява от директор, който се назначава от министър-председателя по предложение на министъра на земеделието, храните и горите.
При осъществяване на правомощията си директорът на Центъра се подпомага от заместник-директор.
- Заместник-директорът на Центъра се назначава от министъра на земеделието, храните и горите по предложение на директора на Центъра. За заместник-директор се назначава лице с най-малко 8 години професионален опит в областта на безопасността по хранителната верига.
- Директорът на Центъра делегира със заповед правомощия на заместник-директора и определя правомощията му.
- Функциите на директора на Центъра в негово отсъствие от страната или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от заместник-директора със заповед за всеки конкретен случай.
Управителният съвет на Центъра се състои от 5 членове – директора на Центъра, който е член по право, и по двама заместник-министри съответно на земеделието, храните и готирите и на здравеопазването, определени от министъра на земеделието, храните и горите и от министъра на здравеопазването.
- Управителният съвет:
приема годишна програма за работата на Центъра и отчет за нейното изпълнение, както и отчет за изпълнението на бюджета;
взема решения за осигуряване на изпълнението на дейностите на Центъра и начините за изпълнението им;
ежегодно представя отчет за изпълнението на годишната програма и на бюджета на Центъра на министъра на земеделието, храните и горите.
Директорът на Центъра при осъществяване на дейността си се подпомага от администрация.
Центърът е структуриран в обща администрация, специализирана администрация и финансов контрольор.
Структурата на административните звена и длъжностните разписания се утвърждават от директора на Центъра по предложение на главния секретар.
